W niższych partiach gór, a zwłaszcza w dolinach występują między innymi lasy liściaste (grądy) o bogatym składzie gatunkowym runa leśnego. Występują tu liczne gatunki chronione, jak tojad dzióbaty, śnieżyczka przebiśnieg (tylko koło Świętego Krzyża), kruszczyk szerokolistny, parzydło leśne, wawrzynek wilczełyko, lilia złotogłów i inne. W wilgotnych i zabagnionych rejonach Doliny Wilkowskiej występują bory wilgotne i bagienne z rzadkimi w Parku gatunkami roślin chronionych - bagna zwyczajnego i rosiczki okrągłolistnej. Niezwykle bogatym pod względem florystycznym terenem w Parku są śródleśne łąki i polany w Dolinie Wilkowskiej oraz Dolinie Czarnej Wody, powstałe w wyniku wykarczowania lasu. Z chronionych roślin występują tu m.in. pemik europejski, kosaciec syberyjski, mieczyk dachówkowaty, goryczka wąskolistna, storczyk plamisty. Wymienione doliny to również główny obszar występowania wód powierzchniowych. Obok rzeki Czarnej Wody i jej dopływów występują tu lokalne rozlewiska powstałe w wyniku budowy zapór (tam) przez bobry.