O składzie gatunkowym roślin jak również zwierząt na danym terenie decyduje szereg czynników. Do najważniejszych z nich należą przede wszystkim: warunki glebowe oraz klimatyczne, ukształtowanie powierzchni, powiązania i zależności między poszczególnymi organizmami oraz między nimi a środowiskiem, w którym żyją. Znaczny wpływ ma również działalność człowieka. Na terenie Łysogór przeważają gleby bielicowe, rdzawe, brunatne, płowe i opadowo - glejowe, w tym znaczna część gleb szkieletowych i skalistych. Wyniesienie znacznej części terenów Parku w stosunku do obszarów przyległych wpływa na zaostrzenie klimatu. Najniższe średnie roczne temperatury notowane są na Świętym Krzyżu: 5,8°C, podczas gdy w dolinach osiągają wartości: 6,9°C w Bodzentynie i 7,8°C w Nowej Słupi. Roczne sumy opadów w partiach grzbietowych dochodzą do 900 mm, a przeciętny roczny opad na całym obszarze przekracza 700 mm. Wysokość bezwzględna terenów Parku mieści się w granicach od 240 m npm w dolinie rzeki Pokrzywianki do 612 m (Łysica).